Rond 1713 bouwde de uit Westfalen afkomstige orgelmaker Conrad Ruprecht II dit orgel voor de Minderbroederskerk in Roermond. De rijke Roermondse Rooms-katholieke kerkmuzikale cultuur werd in de 17e en 18e eeuw sterk vanuit de Zuidelijke Nederlanden (met name Brussel en Luik) beïnvloed. In Roermondse kerken klonk dientengevolge Zuidnederlandse, Habsburgse, Italiaanse en ook Franse muziek. In 1797 werd het Minderbroedersklooster opgeheven en het Ruprecht-orgel stond, na vernielingen tijdens de Franse bezetting, tot 1822 gehavend en zwijgend in de voormalige kloosterkerk. In of kort na 1822 werd het instrument overgeplaatst naar de Munsterkerk in Roermond. Daarbij werd het geheel hersteld, waarschijnlijk met behulp van materiaal van een eenklaviers Waals orgel uit het einde van de 17e eeuw dat in 1804 of 1805 in de Munsterkerk was geplaatst.

Het Ruprecht-orgel verhuisde in 1891 naar de Gereformeerde Oosterkerk te Utrecht en werd bij die gelegenheid ingrijpend gewijzigd. Na wijzigingen in 1922 en een restauratie in 1952 kreeg het Ruprecht-orgel in 1985 andermaal een nieuwe standplaats: de Tuindorpkerk in Utrecht. Leeflang Orgelbouw (Apeldoorn) voerde – onder advies van Dr. M.A. Vente – de overplaatsing en een technische reatauratie/reconstructie uit, met als uitgangspunt  de situatie-1822. De Rijksorgeladviseur Onno Wiersma inventariseerde het pijpwerk en ontdekte daarbij de Westfaalse origine van het orgel.

In 2000 realiseerde Verschueren orgelbouw (Heythuysen) een restauratie van het pijpwerk, eveneens op basis van de situatie-1822, en de uitbreiding met een vrij pedaal. Adviseur bij dit project was Peter van Dijk.